Elle est gérée par une association au nom éponyme présidée par Saïd Aalla(1).

La nouvelle mosquée a été conçue par l'architecte italien Paolo Portoghesi(2), préféré au projet futuriste de Zaha Hadid(3) Les plans initiaux prévoyaient un minaret, un auditorium et un centre d'étude ainsi qu'une capacité plus importante. Ils ont été amendés par la maire de Strasbourg, Fabienne Keller, qui a posé la première pierre de l'édifice le 29 octobre 2004(4)

La mosquée bénéficie d'un loyer emphytéotique, son coût est estimé à 8,5 millions d'euros. Sa construction a été plusieurs fois retardée, principalement à cause d'un arrêté municipal visant à prévenir les sources de financements étrangers, en particulier du Golfe. Le financement est partagé à 26 % par les collectivités locales, dont 8 % pour la Région, 8 % par le département et 10 % par la ville, soit 1,6 million d'euros. Ce financement public d'un lieu de culte est rendu possible par la position particulière de l'Alsace, sous le régime du concordat. Le Maroc a contribué à hauteur de 700 000 euros

Sa coupole de 24 mètres de haut pour 17 de diamètre a été mise en place le 27 novembre 2009, jour de l'Aïd el-Kebir(5)

À terme, la capacité de la mosquée devrait être de 1 200 personnes.>